Nach dem „Anschluss“ war Paul Gerber in der Ärzteberatung und im Spital der IKG Wien tätig. Schließlich gelang ihm die Flucht nach Stockholm, wo er bis 1945 blieb. Im Juni 1946 wanderte die Familie in USA aus, wo sie sich in Detroit niederließen. Dort verstarb er am 16. Jänner 1960.
Gerber hielt nach Isidor Fischer keine Vorträge in der Gesellschaft der Ärzte in Wien.