Karl Nowotny wurde vom NS-Regime als "Halbjude" verfolgt, er wurde 1938 im Allg. Wiener Krankenhaus entlassen, konnte aber zumindest teilweise in seiner Privatpraxis weiterarbeiten.
1945 wurde er Leiter der Wiener Städtischen Nervenheilanstalt Maria Theresia Schlößl.
1950 ist er wieder als Mitglied der Gesellschaft der Ärzte geführt.
