1938 verlor Safar seine Lehrbefugnis, da seine Frau im NS-Jargon als "Mischling 1. Grades" galt und er politisch verdächtig war. 1939 wurde er in den Ruhestand versetzt und von der Liste der Kassenärzte gestrichen. Bereits 1940 wurde er aufgrund eines Mangels an Fachärzten mit der Leitung der Augenabteilung im Robert-Koch-Krankenhaus und später des Krankenhauses Rudolfstiftung betraut.
1945 erhielt Safar seine Lehrbefugnis zurück und wurde zum außerordentlichen Universitätsprofessor bestellt. Ab 1946 war er Vorstand der Augenabteilung im Krankenhaus Lainz. 1950 zum Mitglied der Gesellschaft der Ärzte gewählt, war er auch nach 1945 wieder Mitglied im Verein.
